Налоговый контроль в 2026 году: на что обратить внимание бизнесу

2. Новый вид контроля:Контроль выписки ЭСФ

Контроль выписки ЭСФ направлен на пресечение счетов-фактур с высоким риском. Он бывает двух видов.

Автоматизированный. ЭСФ получает регистрационный номер, только если сумма НДС в нем не превышает балансовую сумму НДС на налоговом счете. Без регистрационного номера ЭСФ считается не выписанным. Баланс можно пополнить собственными деньгами, а неиспользованные средства вернуть по заявлению в течение одного рабочего дня.

Сопоставительный. Налоговый орган проверяет, был ли оборот на самом деле: сопоставляет ЭСФ с данными поставщиков, отчетности, госорганов и банков. На ответ дается 10 рабочих дней после дня вручения уведомления:

• если вы согласны, что оборота не было, — отзовите ЭСФ и представьте пояснение;

• если не согласны — представьте обоснование с обязательными копиями документов по сделке и (или) происхождению товара.

3. Налоговые проверки.

С 1 января 2026 года налоговые проверки исключительно внеплановые.

Формы проверок сохранены: комплексные (с учетом КНН), тематические, встречные, а также хронометражное обследование. 

Сроки проверок и требований о документах

Базовый срок проверки — 30 рабочих дней. Сроки продления по новому кодексу сократились:

На требование о представлении документов базово отводится 10 рабочих дней. Если нужно больше времени, можно подать ходатайство о продлении до 30 рабочих дней. Субъектам малого и микропредпринимательства направляется не более двух требований.

Обжалование: без досудебного этапа суд иск не примет

Нормативное постановление № 2 от 9 апреля 2026 года обязывает суд до начала разбирательства запросить у истца подтверждение досудебного обжалования, если его нет в иске. Исключение — случаи, когда закон разрешает идти в суд без обжалования в вышестоящем органе.

Подтверждением может быть любой документ об обращении с жалобой: копия жалобы с отметкой о принятии или электронная регистрация на портале гос.органа либо в сервисе «eOtinish».

Досудебный порядок не считается утраченным, если не истекли сроки подачи жалобы (ч. 1 ст. 92 АППК) или это указано в мотивированной позиции вышестоящего органа. Если жалобу не рассмотрели за 20 рабочих дней, она считается отклоненной, и срок на обращение в суд начинает течь со дня окончания этого периода.

Что сделать уже сейчас

• Назначьте ответственного за отслеживанием уведомлений в кабинете налогоплательщика и установите внутренний срок ответа менее 30 рабочих дней.

• Готовьте пояснения с перечнем подтверждающих документов: пояснение без доказательной базы может стать поводом для проверки.

• Сравните свой КНН со среднеотраслевым показателем.

• Фиксируйте сроки досудебной жалобы — от этого зависит, примет ли суд иск.

Как мы можем помочь

Налоговый департамент Fortune Partners:

• готовит ответы на уведомления камерального контроля и контроля ЭСФ;

• сопровождает налоговые проверки с первого требования до финального акта проверки;

• проверяет законность назначения проверки и соблюдение процедуры заслушивания;

• готовит досудебные жалобы и представляет интересы в суде;

Получили уведомление или предписание о проверке?
Напишите нам - разберем вашу ситуацию до истечения срока ответа.

Олжас Касенов, директор налогового департамента - o.kasenov@fortunepartners.kz

Ерлан Куспанов, старший менеджер налогового департамента - e.kuspanov@fortunepartners.kz

Телефон:  +7 (707) 793-12-10 

Материал подготовлен по итогам вебинара налогового департамента Fortune Partners 22 октября 2026 года.
Спикеры: Олжас Касенов, Ерлан Куспанов, Рустем Какимов, Армангуль Кайыркен.